V r. 1938-39 komunistická strana na Slovensku stratila vodcov i voličov. Z prostých komunistov sa stali poriadni a oddaní občania Slovenského Štátu. V máji 1939 sa na pokyn Moskvy vytvorila samostatná Komunistická strana Slovenska (KSS). Na jej čele stáli pomerne neznámi predáci (Ďuriš, Benada a Osoha), pretože tí známejší utiekli či už na Západ (Široký, Valo, Clementis) alebo do Ruska (Marek Čulen, Friš, Bacílek, Šmidke). Ale ani táto zmena nepriťahovala nikoho. Ilegálna činnosť strany až do r. 1944 nevykázala nijakú pozoruhodnú aktivitu a je nepochybne zistené, že v r. 1941 až 30% členov ilegálnej KSS pravidelne reportovalo o všetkej aktivite príslušným orgánom ministerstva vnútra.
Mimochodom: celá aktivita pozostávala z písania a rozširovania letákov a spravidla zavinila väčšie škody strane, než štátu proti ktorému bola namierená. Každý leták totiž viedol na stopu a k zneškodneniu tých najživších zložiek. Naše policajné orgány sa mohli vo svojom hľadaní spoliehať na informátorov a na spoluprácu nemeckej polície. Tá mala v tejto práci bohaté skúsenosti. Naši komunisti boli nebezpečne hendikepovaní dvoma nevýhodami: nemali prax v podzemnej činnosti, a čo bolo tragickejšie pre nich, iba slabú oporu v národe.
V júni 1941 k posilneniu domácich kádrov poslalo moskovské vedenie na Slovensko V. Širokého. O jeho príchode bola naša polícia vopred informovaná. Nechala ho pekne založiť ústredný výbor KSS a potom v júli r. 1941 ho zatkla aj s celým výborom okrem jediného člena. Ján Osoha im vyviazol zo slučky a v auguste zorganizoval ďalší (v poradí tretí) ilegálny výbor.
Ale ani tento výbor nepracoval dlho a nevykonal mnoho. Bezpečnostné orgány pochytali jeho členov v marci 1942. Osoha im síce zasa unikol, ale nie ďaleko. O týždeň mali aj jeho. Tieto pohromy, stíhajúce všetky ilegálne výbory KSS sa dajú veľmi jednoducho vysvetliť: pracujúce masy, o ktorých priazeň sa komunisti uchádzali, boli ochotnejšie spolupracovať so slovenskou políciou než s rozvratníkmi poslanými z Moskvy.
Štvrtý ilegálny výbor zorganizoval Štefan Bašťovanský. Bašťovanský bol zbehlý organizátor a jeden z najoddanejších a najúprimnejších komunistov, akých kedy KSS mala. Aj on videl nezmyselnosť moskovských inštrukcií, ale ako dobrý komunista, vykonával ich bez protestov (ako bez protestov a proti vlastnému presvedčeniu denuncoval Husáka a Novomeského v máji r. 1950). Je len pochopiteľné, že v apríli r. 1943 slovenské bezpečnostné orgány chytili a zavreli aj jeho. Po tomto zásahu bola KSS tak vysilená a zdemoralizovaná, že k ďalších organizačným podujatiam nedošlo. Vytvorilo sa akési vákuum a na čelo KSS sa dostali komunistickí intelektuáli, ktorí sa v roku 1939 utiahli do pasivity a namiesto ilegálnej činnosti aktívne pracovali na výstavbe samostatného slovenského štátu: Gustáv Husák ako právny poradca veľkej špeditérskej firmy a Ladislav Novomeský ako šéfredaktor časopisu „Budovateľ". Pod tlakom nepriaznivého vývoja udalostí Gustáv Husák vypracoval svoju vlastnú filozofiu.
Husákov prístup k problematike odboja sa dá zhrnúť takto: Načo sa babrať s letákovou akciou, keď za jeden leták nám zavrú 20-30 najoddanejších pracovníkov? Načo sa púšťať do partizánskeho boja v čase, keď masy pomáhať nechcú a sovieti pomáhať nemôžu, načo sa dobrodružne exponovať, keď pracovníkov je tak málo? Husák chcel šetriť silami pre príhodnejšiu chvíľu. O nej bol presvedčený, že raz príde. Jeho snom bola slovenská socialistická sovietska republika, a tá – nazdával sa – uspokojí slovenské národné ambície aspoň do takej miery ako Slovenský štát.
Ale Husáková taktika pasívneho vyčkávania nebola po srsti moskovskému vedeniu. V lete poslali na Slovensko dvoch komisárov. Z nich jeden bol Čech (Bacílek) a druhý polo-Slovák sliezskeho pôvodu (Šmidke). O ich príchode nebolo vedenie KSS vopred informované, ako bývalo vtedy zvykom. Ich cesta na Slovensko sa veľmi starostlivo pripravovala a opatrne vykonala. Šmidkeho a Bacílka vysadili z lietadla nad Poľskom v júli r. 1943 a celé týždne si opatrne kliesnili cestu na Slovensko. Prišli vystrojení pokynmi a inštrukciami z moskovského politbyra, ktoré im dal Gottwald, a ktoré, ako Bacílek opisuje, mali vniesť do komunistického hnutia nebojácneho a útočného ducha, organizovať roztrieštené sily do národného frontu a vytvárať ozbrojené bojové skupiny.
Husák a Novomeský povedali moskovským delegátom, že podmienky na Slovensku nie sú priaznivé na uskutočnenie moskovských plánov, ktoré bude treba upraviť vzhľadom na slovenské pomery. Husák opakoval svoju obľúbenú tézu plne využiť nacionalizmus a národné cítenie Slovákov a usmerniť tieto momenty do revolučného žľabu. Hoci nemáme o tom priameho dôkazu, je pravdepodobné, že Moskva túto zmenu odobrila, pretože keď došlo na lámanie chleba, hralo sa silne na nacionálnu strunu. Iba po niekoľkých rokoch (presnejšie povedané, po voľbách v máji r. 1946) sa stala nacionalistická línia príťažou a rozpačitosťou KSČ a viedla k likvidácii „nacionálne-buržoázneho krídla KSS". Tak padli Husák, Novomeský, Clemetis, Bašťovanský, Šmidke, Okáli...
Karol Šmidke vytvoril piaty ilegálny výbor KSS. Vo výbore hlavné slovo mal G. Husák a L. Novomeský. Šmidke vykonal veľa v reorganizácii rozbitých buniek, čo mu vzhľadom na frontové udalosti išlo pomerne ľahko. Po Slovensku sa pohyboval s falošným preukazom, vystaveným na meno Potocký. Cestoval s vedomím a s nemým súhlasom ministrov Čatloša a Macha a to vysvetľuje jeho „odvahu", keď sa podujal navštíviť V. Širokého vo väznici Krajského súdu v Nitre. Husákovou úlohou bolo usmerňovať politickú líniu strany. K. Bacílek mal na starosti nadviazať a udržovať spojenie s Moskvou. Či už pre jeho nešikovnosť, či už mal skutočnú smolu, toto sa mu vôbec nepodarilo. V r. 1950-62 tí členovia výboru, ktorí niečo pozitívneho vykonali Šmidke, Husák, Novomeský) boli žalárovaní a viktimizovaní a Bacílek, ktorý neurobil ani to, čo mal, bol oslavovaný.
Nech sa hovorí čo chce, Husákova línia bola v daných okolnostiach jedinou politikou, majúcou aké-také nádeje na úspech. Husák poznal politickú situáciu a vedel o zmýšľaní slovenských más oveľa viac, než vedeli v Moskve sediaci a fajky fajčiaci komisári. Videl, že strana nemá oporu ani v ľude, ani v armáde. Ľud chcel podchytiť heslami o slovanstve a ruskom bratovi. Do armádneho vedenia chcel preniknúť prostredníctvom spolupráce s „demokratickými zložkami", ktoré mali svojich ľudí v dôstojníckom zbore. Myšlienka spoločného „národného frontu" mu teda prišla vhod. Podľa neskorších priznaní, komunisti a demokrati začali na seba pokukávať už v roku 1942. Vážnejšia známosť sa rozvinula až na jeseň v r. 1943 a v zime došlo k srdečnej dohode o spoločnom postupe a spolupráci. Určili si spoločné úlohy a ciele a dohodli sa na spoločných zásadách.