Hneď po zavraždení farára Jána Nemca vrahovia a ich spolupracovníci sa hneď ako dravci vrhli na všetko, čo po nebohom zostalo, čo nezobrali ešte za jeho života. Tak 17. 11. 1944 večer, teda v deň vraždy, partizáni pod vedením Šmicha z Čičavy prišli na faru a zobrali dva kone, žriebä, voz, bričku, postroje na kone a rôzne iné veci, ktoré bolo možné ešte zobrať. Kone, žriebä a bričku odviedli do Lukačoviec. Kone vzal Džujan, ktorý bol vtedy komisárom obce a stolár Jozef Štec (neskôr sa presťahoval do Humenného). Bričku a žriebä vzal iný gazda.

Na jar v roku 1945 sestra nebohého Jána Nemca Anna Seligová a Mária Nemcová, manželka brata Andreja, spolu s Margitou Magyarovou, domvedúcou nebohého, prišli do Lukačoviec pre spomínané kone, žriebä, bričku a postroje.
Priviezol ich Pavol Weis z Lieskovca. V Lukačovciach sa však rodiny spomínaných na nich oborili a len že ich z dediny nevyhnali. Džujan nebol doma.

Jeho manželka najviac vrieskala, že nič nedajú. Hovorila, aby prišli na druhý deň o deviatej ráno, ak chcú hovoriť s jej manželom. Avšak pod vplyvom toho, čo zažili, aby im niečo po ceste cez lesy neurobili – z obavy – do Lukačoviec sa už nevrátili.

O nejaký čas, na jar 1945, prišiel do Lukačoviec v tej istej veci otec umučeného Jána Nemca. Priviezol ho tiež Pavol Weis z Lukačoviec. Bol s nimi aj sluha zavraždeného Peter Felc. Vtedy Džujan zavolal Jána Nemca st. do izby a hovoril mu: „Pozrite, tu mám pušku, tam guľomet. Hneď ste zastrelený. Postarám sa, že vás všetkých zoberú a postrieľajú. Mňa sa tu každý bojí.“ Potom hovoril: „Tie kone aj s postrojmi zobrali Nemci a dali mu druhé. A ani tie už nemám. Od tej doby mám už asi piaty pár koní. Teda tie už nie sú vaše.“ Keď však Ján Nemec st. chcel, aby mu svoje ukázal, odmietol to urobiť. Iný gazda, ktorého meno Ján Nemec st. nezistil, ku ktorému ho priviedol Džujan, mal žriebä a bričku. Aj ten odmietol vydať žriebä, lebo vraj sa o neho hlási istý partizán z Čičavy, ktorý mu ho priviedol. (Z Čičavy je Šmich.) Tak aj cesta Jána Nemca st. – otca umučeného kňaza – bola bezvýsledná. Čo bolo ukradnuté, ostalo v rukách partizánov. Treba však konštatovať, že každý, kto sa v noci zo 16. na 17. 11. 1944 zúčastnil so zbraňou v ruke vpádu do rím. kat. fary v Lieskovci ako člen organizovanej skupiny partizánov a mal akýkoľvek podiel na vyvlečení, mučení a surovej vražde farára Jána Nemca, dopustil sa trestného činu vraždy podľa § 219 trestného zákona. Pretože zároveň tí istí partizáni faru vykradli, dopustili sa trestného činu lúpeže. Dopustili sa ho aj všetci partizáni, ktorí od 8. 8. 1944 pod hrozbou odvlečenia vydierali od Jána Nemca so zbraňou v ruke peniaze, šatstvo a pod. Vzťahuje sa na nich aj ustanovenie § 264 trest. zák., pretože sa dopustili plienenia v priestoroch vojnových operácií. Vraždu treba zároveň posudzovať ako zločin proti ľudskosti podľa štatútu Medzinárodného vojnového tribunálu (súčasť londýnskej dohody z augusta 1945). Keďže Slovenská republika je ako právny nástupca po bývalej ČSFR tiež účastníkom Konvencie OSN o nepremlčatelnosti vojnových zločinov a zločinov proti ľudskosti zo dňa 26. 11. 1968, aj na túto vraždu sa vzťahuje ustanovenie § 67 trestného zákona, ktorým sa vylučuje jej premlčanie.

Napriek veľkému úsiliu, aby mučenícka smrť Jána Nemca ako tabu padla do zabudnutia, alebo bola prepísaná iným ako partizánom, nestalo sa tak. Vo verejnosti sa vedelo, že v ozbrojenej skupine, ktorá zavraždila Jána Nemca, ako aj medzi tými, čo ho predtým terorizovali a vykrádali, boli slovenskí a sovietski partizáni a tiež niektorí inoverci, ktorým odmietol vydať krstné listy bez krstu. Preto odišli od neho s vyhrážkou: „Však my sa ešte stretneme!“ Úradné vyšetrovanie vraždy v Humennom po skončení vojny bolo zastavené.

Celý prípad vraždy ostal bez došetrenia neuzavretý a získaný materiál sa stratil.

Počas totality sa objavila občas o Jánovi Nemcovi krátka zmienka v Katolíckych novinách (Kalendár nám pripomína), v ktorej bolo uvedené, že tragicky umrel – ľudomil, filozof, lingvista, botanik, podporovateľ utečencov z nemeckých táborov. O zavraždení ani slovo!

Časy sa však zmenili v roku 1989, a tak sa brat Jána Nemca Imrich obrátil 2. 7. 1990 na Generálnu prokuratúru Slovenskej republiky v Bratislave so žiadosťou o správu z vyšetrovania vraždy Jána Nemca, rím. kat. farára v Lieskovci, zavraždeného 17. 11. 1944, a o prípadných rozhodnutiach súdu.

Generálna prokuratúra SR odstúpila podaný podnet na vybavenie Krajskej prokuratúre v Košiciach. Tá po zistení, že OS ZNB v Humennom nemá záznam o tom, že sa viedlo vyšetrovanie v tej veci, požiadala o vykonanie vyšetrovanie KS ZNB v Košiciach. Vyšetrovanie bolo ťažké pre veľký časový odstup. Po viac ako dvoch rokoch Generálna prokuratúra v Bratislave oznámila prípisom č. III Gpt 2016/92 – 11 zo dňa 11. 9. 1992: „ Vo veci úmrtia Jána Nemca Vám oznamujem, že vyšetrovateľ Krajského úradu vyšetrovania PZ SR v Košiciach uznesením zo dňa 14. 8. 1992 podľa § 160 ods. 1 tr. por. začal trestné stíhanie vo veci trestného činu vraždy podľa § 219 ods. 1, 2 písm. f / Tr. zák. Vyšetrovateľ začal trestné stíhanie proti neznámemu páchateľovi, resp. páchateľom na tom skutkovom základe, že v neskorých nočných hodinách dňa 16. 11. 1944 došla na rím. kat. faru do obce Lieskovec, okres Humenné, kde pôsobil farár Ján Nemec, nar. 25. 1. 1911 v Šarišských Bohdanovciach, okres Prešov, osemčlenná ozbrojená skupina partizánov, ktorá keď zobudila farára, kázala sa mu obliecť a zaviezli ho k rieke Oľke v obci Girovce, okres Humenné, a z doposiaľ nezistených príčin dvoma strelami do hlavy ho usmrtili a vyzlečeného hodili do rieky Oľky, kde bol aj nájdený, potom prevezený do rodnej obce Šarišské Bohdanovce, okres Prešov, a pochovaný. O skončení vyšetrovania budete vyrozumený Krajskou prokuratúrou v Košiciach.“ Krajský úrad vyšetrovania PZ SR v Košiciach skončenie vyšetrovania oznámil Uzenesením ČVS: VP – 18/10 – 1992 zo dňa 9. 4. 1993, v ktorom hovorí: „Podľa § 172 ods. 1, písm. d / Tr. poriadku zastavujem trestné stíhanie vo veci pre trestný čin vraždy podľa § 219 ods. 1, ods. 2, písm. f / Tr. zákona, ktorá bola spáchaná na rím. kat. farárovi Jánovi Nemcovi tak, že dňa 16. 11. 1944 v nočných hodinách, došlo na rím. kat. faru do obce Lieskovec, okr. Humenné osemčlenná ozbrojená skupina neznámych partizánov, ktorá zobudila farára Jána Nemca, nar. 25. 1. 1911 v Šarišských Bohdanovciach, okr. Prešov, ktorého zaviedli k rieke Oľke v obci Girovce, okr. Humenné a z doposiaľ nezistených príčin dvoma strelami do hlavy ho usmrtili, vyzliekli a hodili do rieky Oľky, kde bol aj na druhý deň nájdený a prevezený do rodnej obce Šarišské Bohdanovce a tam pochovaný.“ Ďalej nasleduje stať Odôvodnenie, v ktorej okrem dôvodu začatia trestného stíhania vo veci pre trestný čin vraždy na podnet brata Jána Nemca, sú uvedené výpovede vypočutých ešte žijúcich svedkov s cieľom zistiť, prečo došlo k zastreleniu farára a ktorá konkrétna osoba je za zastrelenie zodpovedná . Tak napr. „Svedok Tomáš Michal zo Žalobína uviedol, že od svojho strýka Toroka Jozefa sa dozvedel, že dňa 16. 11. 1944 v nočných hodinách prišlo asi 8 partizánov zo skupiny Čapajev do dvora Jozefa Toroka, ktorému prikázali zapriahať kone do voza. Medzi týmito partizánmi sa mal nachádzať Šmich Anton z Čičavy a Michal Saxon zo Žalobína. Torok Tomášovi Michalovi povedal, že keď túto skupinu odvážal, nevedel, že sa medzi partizánmi nachádza farár Ján Nemec. Či sa v skutočnosti odohralo všetko tak, Tomáš Michal nepotvrdil.

Uviedol ešte, že po zastrelení farára sa v Žalobíne nehovorilo, kto konkrétne zastrelil Jána Nemca. Hovorilo sa všeobecne, že ho zastrelili partizáni.“ Ďalej sa uvádza: „Ako možný páchateľ Hilfrajd Bedřich zo Žalobína, ktorý bol partizánskym zásobovačom a po vojne si zmenil meno na Horný. K tejto osobe bola vypočutá Horná Mária, ktorá uviedla, že pôsobila spolu so svojím manželom Horným Bedřichom v partizánskej brigáde Čapajev, táto brigáda mala ďalších 7 skupín.
Jej manžel v tejto brigáde zastával funkciu vedúceho zásobovacieho oddielu a je už nebohý. Od manžela sa dozvedela, že sovietski partizáni zastrelili pri rieke Oľke v obci Girovce farára, ktorého ona osobne nepoznala. Dôvod, prečo ho zastrelili, neuviedla.“ „Ďalší dôležitý žijúci svedok Šmich Anton z Čičavy uviedol, že pôsobil v partizánskej brigáde Čapajev, ktorá operovala v oblasti Košaroviec. O zastrelení farára Jána Nemca sa dozvedel hneď na druhý deň od nebohého Moleka Jozefa v Košarovciach. Tento mu mal iba povedať, že farára Jána Nemca zastrelili partizáni pri moste cez rieku Oľku v obci Girovce a hodili ho do vody. Z akého dôvodu bol farár zastrelený, to už Šmich nevedel uviesť. V ten deň, keď sa to dozvedel, videl prísť do Košaroviec asi 8 partízánov, z ktorých jeden mal na sebe čierny farársky kabát. Týchto partizánov nepoznal a nevie, či to boli Rusi alebo Slováci. Priznal, že na faru do Lieskovca došiel s partizánmi, ale až potom, keď už bol Jána Nemec zastrelený. Mal úlohu priviesť z fary všetok dobytok, čo však nesplnil, nakoľko sa dobytok splašil. Preto zobral koč, na ktorý naložil väčšie množstvo cukru (asi 20 kg), zobral ďalej kone so žriebäťom a všetko zaviezol do Lukačoviec miestnemu komisárovi s tým, aby kone odviedol naspäť na faru. Poprel však, žeby on bol na nejakom voze s partizánmi, ktorí mali odvážať farára a vôbec nevidel žiaden voz s partizánmi, na ktorom by bol farár Ján Nemec odvážaný. Tiež poprel, žeby sa on bol vyjadril, že toho Nemca mali už po ceste zabiť. Takéto tvrdenie považuje za vymyslené. Osobne Jána Nemca nepoznal, a preto sa ani nevie vyjadriť, aký to bol človek.“ Obdobne aj Saxon Michal priznal, že farára Jána Nemca poznal, ale rozhodne poprel, žeby on bol prítomný, keď odvážali farára.

Dôležité je nasledujúce uvedené svedectvo: „Svedkyňa Alžbeta Jara uviedla, že v roku 1944, ako 19 ročná bola slúžkou na rím. kat. fare v Lieskovci, kde pôsobil Ján Nemec. Vie, že na faru skoro každý deň prichádzali partizáni, ktorí hovorili rusky, ale aj slovensky. Z fary odnášali rôzne potraviny, ale aj peniaze, ktoré im farár musel dať. Ako sa volali slovenskí partizáni, povedať nevie, nakoľko sa po mene nikto nepredstavoval. Na faru chodievali aj Nemci, ktorí sa s farárom rozprávali. O čom sa Nemci s farárom rozprávali, nevie, lebo farár sa o tom nikdy nezmienil. Potraviny brali aj Nemci. Nevie však uviesť, aký mali partizáni dôvod zastreliť Jána Nemca.“ V „Uznesení“ sú uvedení aj ďalší vypočutí svedkovia a 19 mien takých svedkov, ktorí už zomreli.

Výsledky vyšetrovania Krajského úradu vyšetrovania PZ SR v Košiciach sú v záverečnej časti uvedeného „Uznesenia“, kde sa hovorí: „Vykonaným vyšetrovaním, a to najmä z výpovedí svedkov, úmrtného listu, ako aj ďalších materiálov, sa potvrdilo, že farár Ján Nemec bol zavraždený neznámymi partizánmi, avšak jednoznačne nebolo preukázané, že motívom tejto vraždy je politická, rasová, náboženská alebo národnostná nenávisť, preto § 172 ods. 1, písm. d / Tr. poriadku s poukazom na ustanovenie § 11 ods. 1, písm b / Tr. poriadku bolo potrebné trestné stíhanie vo veci vraždy podľa § 219 ods. 1, ods. 2, písm f / Tr. zákona zastaviť, ako je to uvedené vo výrokovej časti tohto uznesenia.“ Aj keď úradným vyšetrovaním nebol zistený „jednoznačný“ motív tejto vraždy, pretože nikto kňazovi vinu nenašiel, je isté, že to nebola vražda náhodne vytvorenej skupiny nejakých potulných neznámych partizánov, ale dobre zorganizovanej popravnej čaty s cieľom zlikvidovať farára Jána Nemca.

Základnou motiváciou uvedenej vraždy mladého, ale veľmi aktívneho a vplyvného činiteľa rímskokatolíckeho duchovenstva v Zemplíne, kňaza vysokovzdelaného a vzorného života, národovca, neohrozeného kazateľa proti šíriacemu sa ateizmu, nech už prichádzal pod akoukoľvek zástavou a z akejkoľvek ideológie, u ľudu obľúbeného, bola pomsta a náboženská nenávisť nepriateľov rím. kat. cirkvi, organizovaných v niektorých ilegálnych organizáciách v Humennom. Aj jeho úspešná a intenzívna práca ako moderátora katolíckej mládeže okresu nebola po vôli niektorým ilegálnym politickým pracovníkom, spolupracujúcim s partizánmi. Okrem uvedených dôvodov cieľom bolo zastrašiť rímskokatolícke duchovenstvo a veriacich vôbec.