Ako bol dramatický život Jána Nemca, tak dramatická je aj jeho smrť, ktorú predvídal. „Veľký piatok ma očakáva“, hovoril v rozhovore v Humennom ešte 26. 8. 1944 učiteľovi Jánovi Orendáčovi. V nebezpečenstve života sa nachádzal od vtedy, čo ho začali navštevovať partizáni.

Na fare Jána Nemca v Lieskovci pri Humennom sa zastavovali sovietski parašutisti a mnohí utečenci z nemeckých koncentračných táborov. Boli to najmä Rusi, ale aj príslušníci iných národov. Ján Nemec, ktorý ako kňaz mal vždy súcit a porozumenie pre každého trpiaceho človeka a ako milosrdný Samaritán podľa svojich skromných možností snažil sa im pomôcť, mal pochopenie aj pre týchto ľudí bez prostriedkov a často bojujúcich za záchranu holého života.

U neho sa zastavovali, akoby niekým zámerne posielaní, zotavili sa, najedli a obliekli sa a čo na ďalšiu cestu potrebovali, to podľa jeho možností dostali. O pomoci utečencom, a tým nepriamo aj partizánom, pretože mnohí z nich sa dostali do partizánskej skupiny „Čapajev“, vedel aj kpt. Kukorelli a sovietsky partizánsky veliteľ Baľuta. Preto Ján Nemec nepredpokladal, že práve od partizánov mu hrozí nejaké nebezpečenstvo. A v tom sa zmýlil, čo sa mu stalo osudné. Nepredpokladal, že príchodom sovietskych partizánov a zorganizovaním partizánskych skupín na Slovensku začalo sa tu obdobie stalinizmu, a to v druhej polovici roku 1944. Už od augusta roku 1944 sa robili časté útoky na katolíckych kňazov a vykrádanie fár a kostolov.

Prví – Rusi – sa objavili u neho koncom mája 1944. Istého večera prišli štyria, keď bol na májovej pobožnosti. Keď sa vrátil z kostola, domvedúca mu hlásila, že na fare sú sovietski vojaci. Ján Nemec prišiel k nim do kuchyne, kde večerali a zhováral sa s nimi. Hovorili, že sú sovietski zajatci, ktorým sa podarilo ujsť z nemeckého tábora. Keď sa navečerali, odišli. Podobne v júni 1944 prišiel večer k nemu Rus. Chcel jesť. Ten sa pri rozhovore počas jedenia priznal, že bol z hodený z lietadla a že je až zo Sachalína. Ukazoval aj fotografiu svojej rodiny, aj fotografie z rôznych slovenských miest a z ostatnej Európy. Podľa všetkého – tiež podľa veľkej znalosti jazykov – dalo sa usudzovať, že bol špiónom. Po večeri odišiel.
Prví, ktorí sa skutočne k partizánom hlásili a ako partizáni vystupovali, prišli na faru 8. 8. 1944 o jednej hodine v noci. V tom čase partizáni v Zemplíne urobili návštevy už na mnohých miestach a o ich činnosti kolovali rôzne chýry.

Ján Nemec už tri dni pred 8. augustom nemohol spávať a bolo na ňom badať akési znekľudnenie. Potom sa priznal svojmu bratovi Imrichovi a domvedúcej, že mal akési tušenie, akési vnuknutie, že prídu k nemu partizáni. Preto, keď 8. augusta o jednej v noci partizáni zaklopali na dvere, hneď skočil z postele, pretože nespal, ako by ich bol čakal, a bežal ku dverám. Na otázku „Kto tam?“ dostal odpoveď: „Tu Slovák z Mysliny. Naj prídu ku chorému spovedať“. „A ku komu?“ pýtal sa Ján Nemec. „Koho spovedať?“ Za dverami odpovedali: „Slovák je ťažko chorý“. Pretože také meno v Mysline poznal, uveril im. Predsa však ich dnu nepustil. Hovoril im, aby išli po kostolníka, kým sa oblečie.

Zarazilo ho však, keď na otázku, kde majú voz, odpovedali, že stojí na ulici.

Ktokoľvek ho totiž prišiel volať k nemocnému, vždy vošiel s vozom do dvora.

Keď sa partizáni od dverí vzdialili, akoby zdanlivo išli po kostolníka, Ján Nemec sa oknom pozrel za nimi. Pretože nešli smerom ku kostolníkovi, zakričal na nich, že kostolník býva hneď v susedstve. Aj to ho zarazilo. Predsa sa však obliekol do reverendy a chystal sa na cestu. Zobudil svojho brata Imricha, ktorý ako profesor gymnázia v Michalovciach bol u neho vždy cez prázdniny, a hovoril mu, že ide k nemocnému do Mysliny. Pripomenul, že je to po prvý raz, čo ho na tejto fare volajú v noci ku chorému. Jeho brat ho ihneď upozornil, či to nie sú partizáni. Vstal, že pôjde s ním, ale od cesty ho odhováral. Medzitým sa išli obaja pozrieť oknom, či sa nevracajú. Práve sa vracali bez kostolníka.

Keď sa približovali, bolo im vidieť automaty. „Kde máte kostolníka?“ pýtal sa Ján Nemec, keď prišli pod okno. Pretože videli v okne dvoch, bolo vidieť v ich konaní akúsi nerozhodnosť. Potom hovorili, že ho neprišli volať spovedať, ale že by chceli jesť. Na otázku „Koľko vás je?“ odpovedali: „štrnásti.“ Pod oknom boli dvaja Slováci a jeden Rus. Jeden z nich bol oblečený v uniforme slovenského poddôstojníka. Ostatní boli v civile.